La no aceptación de los límites otorgados por la Señora de Vizcaya por los vecinos de las anteiglesias que rodeaban la villa, pertenecientes a la llamada Tierra Llana de Vizcaya, dio lugar a muchos conflictos. En 1334, el rey Alfonso XI confirmó la carta puebla y el fuero otorgado a la villa y ordenó levantar las murallas. El fuero otorgado a la villa de Lequeitio le permitía, entre otras cosas, la elección de su órgano de gobierno, el Concejo, con sus correspondientes regidores y alcalde. Una particularidad del fuero de Lequeitio era que la villa era copropietaria de los bienes de la iglesia de Santa María al tener otorgado su patronato. Esto le permitía administrar sus rentas y designar a los clérigos. Desarrollaron las ordenanzas municipales que están consideradas como las más antiguas del Territorio Histórico vizcaíno. Estas ordenanzas regulaban la convivencia entre los vecinos de Lequeitio. También establecían derechos y privilegios referidos a la navegación y a la pesca. Esto dio lugar al desarrollo del transporte marítimo y, a su sombra, la realización de actos de piratería con participación de la patente de corso.